Magnus Ehrnroothin säätiö tukee tieteellistä perustutkimusta matematiikan, tähtitieteen, fysiikan, kemian ja lääketieteellisen kemian aloilla.

Magnus Ehrnroothin säätiö jakaa vuosittain apurahoja matematiikan, fysiikan, tähtitieteen, kemian sekä lääketieteellisen kemian tutkimukseen. Säätiö on näiden tieteenalojen Suomen tärkeimpiä stipendisäätiöitä. Lisäksi säätiö tukee matematiikan ja luonnontieteiden opetusta peruskoulussa ja lukiossa tukemalla näiden aineiden opettajien jatkokoulutusta.